Warning :The distance between some ions is very small
Posted: Thu Nov 05, 2009 6:58 pm
Dear all,
I wanted to simulate the equilibrium structure of a trilayer graphite.
I got the following warning message and calculation never started:
WARNING : The distance between some ions is very small please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file
I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE DOING.
I think that the main problem in my definition of the supercell:
It is a honeycomb structure with hexagonal symmetry. This is the inforamtion I have :
Symmetry: Hexagonal a=b;c; alpha=beta=90; gamma=120
P63/mmc
Graphite:
a=b=2.45600000; c=6.69600000
d=c/2=3.34800000
c/a=2.72638436
Primitive vectors
a(1) = 1.22800000 -2.12695839 0.00000000
a(2) = 1.22800000 2.12695839 0.00000000
a(3) = 0.00000000 0.00000000 6.69600000
Volume = 34.97863049
Basis Vectors: vmn
Atom Lattice Coordinates Cartesian Coordinates
C 0.00000000 0.00000000 0.25000000 0.00000000 0.00000000 1.67400000
C 0.00000000 0.00000000 0.75000000 0.00000000 0.00000000 5.02200000
C 0.33333333 0.66666667 0.25000000 1.22800000 0.70898613 1.67400000
C 0.66666667 0.33333333 0.75000000 1.22800000 -0.70898613 5.02200000
------------------------------------------------------------------
I used the following POSCAR:
C
1.00000000000000
7.36800000000000 0.00000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 7.09000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 26.69600000000000
75
Direct
0.00000000000000 0.00000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.40000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.60000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.40000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.80000000000000 0.74917590650285
0.16666666666667 0.70000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.80000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.80000000000000 0.00000000000000
0.16666666666667 0.90000000000000 0.87458795325142
0.16666666666667 0.70000000000000 0.00000000000000
0.33333333333333 0.00000000000000 0.74917590650285
0.33333333333333 0.00000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.20000000000000 0.74917590650285
0.16666666666667 0.10000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.20000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.20000000000000 0.00000000000000
0.16666666666667 0.30000000000000 0.87458795325142
0.16666666666667 0.10000000000000 0.00000000000000
0.16666666666667 0.50000000000000 0.74917590650285
0.33333333333333 0.40000000000000 0.74917590650285
0.16666666666667 0.50000000000000 0.87458795325142
0.16666666666667 0.50000000000000 0.00000000000000
0.33333333333333 0.60000000000000 0.87458795325142
0.33333333333333 0.40000000000000 0.00000000000000
0.33333333333333 0.80000000000000 0.74917590650285
0.50000000000000 0.70000000000000 0.74917590650285
0.33333333333333 0.80000000000000 0.87458795325142
0.33333333333333 0.80000000000000 0.00000000000000
0.50000000000000 0.90000000000000 0.87458795325142
0.50000000000000 0.70000000000000 0.00000000000000
0.66666666666667 0.00000000000000 0.74917590650285
0.66666666666667 0.00000000000000 0.00000000000000
0.33333333333333 0.00000000000000 0.87458795325142
0.33333333333333 0.20000000000000 0.74917590650285
0.50000000000000 0.10000000000000 0.74917590650285
0.33333333333333 0.20000000000000 0.87458795325142
0.33333333333333 0.20000000000000 0.00000000000000
0.50000000000000 0.30000000000000 0.87458795325142
0.50000000000000 0.10000000000000 0.00000000000000
0.50000000000000 0.50000000000000 0.74917590650285
0.66666666666667 0.40000000000000 0.74917590650285
0.50000000000000 0.50000000000000 0.87458795325142
0.50000000000000 0.50000000000000 0.00000000000000
0.66666666666667 0.60000000000000 0.87458795325142
0.66666666666667 0.40000000000000 0.00000000000000
0.66666666666667 0.80000000000000 0.74917590650285
0.83333333333333 0.70000000000000 0.74917590650285
0.66666666666667 0.80000000000000 0.87458795325142
0.66666666666667 0.80000000000000 0.00000000000000
0.83333333333333 0.90000000000000 0.87458795325142
0.83333333333333 0.70000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000
0.66666666666667 0.00000000000000 0.87458795325142
0.66666666666667 0.20000000000000 0.74917590650285
0.83333333333333 0.10000000000000 0.74917590650285
0.66666666666667 0.20000000000000 0.87458795325142
0.66666666666667 0.20000000000000 0.00000000000000
0.83333333333333 0.30000000000000 0.87458795325142
0.83333333333333 0.10000000000000 0.00000000000000
0.83333333333333 0.50000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.40000000000000 0.74917590650285
0.83333333333333 0.50000000000000 0.87458795325142
0.83333333333333 0.50000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.60000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.40000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.80000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.80000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.80000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.20000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.20000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.20000000000000 0.00000000000000
Is there any thing wrong with the POSCAR and supercell definition: I wanted the graphite to be in a vacuum region in the z direction of 20Angstrom.
Please could you help?
I appreciate it.
Thanks in advance!
I wanted to simulate the equilibrium structure of a trilayer graphite.
I got the following warning message and calculation never started:
WARNING : The distance between some ions is very small please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file
I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE DOING.
I think that the main problem in my definition of the supercell:
It is a honeycomb structure with hexagonal symmetry. This is the inforamtion I have :
Symmetry: Hexagonal a=b;c; alpha=beta=90; gamma=120
P63/mmc
Graphite:
a=b=2.45600000; c=6.69600000
d=c/2=3.34800000
c/a=2.72638436
Primitive vectors
a(1) = 1.22800000 -2.12695839 0.00000000
a(2) = 1.22800000 2.12695839 0.00000000
a(3) = 0.00000000 0.00000000 6.69600000
Volume = 34.97863049
Basis Vectors: vmn
Atom Lattice Coordinates Cartesian Coordinates
C 0.00000000 0.00000000 0.25000000 0.00000000 0.00000000 1.67400000
C 0.00000000 0.00000000 0.75000000 0.00000000 0.00000000 5.02200000
C 0.33333333 0.66666667 0.25000000 1.22800000 0.70898613 1.67400000
C 0.66666667 0.33333333 0.75000000 1.22800000 -0.70898613 5.02200000
------------------------------------------------------------------
I used the following POSCAR:
C
1.00000000000000
7.36800000000000 0.00000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 7.09000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 26.69600000000000
75
Direct
0.00000000000000 0.00000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.40000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.60000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.40000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.80000000000000 0.74917590650285
0.16666666666667 0.70000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.80000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.80000000000000 0.00000000000000
0.16666666666667 0.90000000000000 0.87458795325142
0.16666666666667 0.70000000000000 0.00000000000000
0.33333333333333 0.00000000000000 0.74917590650285
0.33333333333333 0.00000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.20000000000000 0.74917590650285
0.16666666666667 0.10000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.20000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.20000000000000 0.00000000000000
0.16666666666667 0.30000000000000 0.87458795325142
0.16666666666667 0.10000000000000 0.00000000000000
0.16666666666667 0.50000000000000 0.74917590650285
0.33333333333333 0.40000000000000 0.74917590650285
0.16666666666667 0.50000000000000 0.87458795325142
0.16666666666667 0.50000000000000 0.00000000000000
0.33333333333333 0.60000000000000 0.87458795325142
0.33333333333333 0.40000000000000 0.00000000000000
0.33333333333333 0.80000000000000 0.74917590650285
0.50000000000000 0.70000000000000 0.74917590650285
0.33333333333333 0.80000000000000 0.87458795325142
0.33333333333333 0.80000000000000 0.00000000000000
0.50000000000000 0.90000000000000 0.87458795325142
0.50000000000000 0.70000000000000 0.00000000000000
0.66666666666667 0.00000000000000 0.74917590650285
0.66666666666667 0.00000000000000 0.00000000000000
0.33333333333333 0.00000000000000 0.87458795325142
0.33333333333333 0.20000000000000 0.74917590650285
0.50000000000000 0.10000000000000 0.74917590650285
0.33333333333333 0.20000000000000 0.87458795325142
0.33333333333333 0.20000000000000 0.00000000000000
0.50000000000000 0.30000000000000 0.87458795325142
0.50000000000000 0.10000000000000 0.00000000000000
0.50000000000000 0.50000000000000 0.74917590650285
0.66666666666667 0.40000000000000 0.74917590650285
0.50000000000000 0.50000000000000 0.87458795325142
0.50000000000000 0.50000000000000 0.00000000000000
0.66666666666667 0.60000000000000 0.87458795325142
0.66666666666667 0.40000000000000 0.00000000000000
0.66666666666667 0.80000000000000 0.74917590650285
0.83333333333333 0.70000000000000 0.74917590650285
0.66666666666667 0.80000000000000 0.87458795325142
0.66666666666667 0.80000000000000 0.00000000000000
0.83333333333333 0.90000000000000 0.87458795325142
0.83333333333333 0.70000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000
0.66666666666667 0.00000000000000 0.87458795325142
0.66666666666667 0.20000000000000 0.74917590650285
0.83333333333333 0.10000000000000 0.74917590650285
0.66666666666667 0.20000000000000 0.87458795325142
0.66666666666667 0.20000000000000 0.00000000000000
0.83333333333333 0.30000000000000 0.87458795325142
0.83333333333333 0.10000000000000 0.00000000000000
0.83333333333333 0.50000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.40000000000000 0.74917590650285
0.83333333333333 0.50000000000000 0.87458795325142
0.83333333333333 0.50000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.60000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.40000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.80000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.80000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.80000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.20000000000000 0.74917590650285
0.00000000000000 0.20000000000000 0.87458795325142
0.00000000000000 0.20000000000000 0.00000000000000
Is there any thing wrong with the POSCAR and supercell definition: I wanted the graphite to be in a vacuum region in the z direction of 20Angstrom.
Please could you help?
I appreciate it.
Thanks in advance!